由於海洋研究領域所使用之觀測儀器絕大部份由國外進口,這些商業產品較難依實際需求自行更改。因此中心基於產官學研界對海洋之研究需求,建立海洋探測設備自主研發的目標,使中心能夠確實掌握海洋探測設備的核心設計。

 
輕型工作級ROV
左下角為中心所擁有的重型工作級ROV,是台灣最大的ROV,目前只能與勵進研究船搭配作業。因此為了能在不同噸數的船舶上操作,自主研發針對三個不同任務需求的ROV,像是右上角是與中山大學合作的輕型工作級ROV,重量約為重型的1/10,同樣具有兩隻機械手臂可以進行水下作業。左上角是針對離岸風機基樁檢測與生態議題所設計的觀察型ROV,靠一艘浮潛船就能進行佈放,潛至基樁附近觀察,非常輕便容易操作。右下角是為支援空軍特殊任務特別改裝的工作級ROV,可以抵抗台東外海的強勁海流,在海床上執行特殊作業。
 
自主式水下滑翔機

由於海水比熱大,因此全球各深度海水溫度之變化更能代表大氣溫度變化之長期趨勢。為取得廣闊水域且深達一千公尺內水層之連續溫度與鹽度等參數,國研院海洋中心自2018年投入研發並已掌握水下滑翔機自主關鍵技術-「浮力引擎」。

國研院海洋中心自2020年完成原型機後,即於墾丁南灣與小琉球海域進行多次實測。載具在海面與預設水深間自主滑翔,於下潛與上浮的過程紀錄所經水層溫度、鹽度等水文資訊,並在載具上浮至水面時高舉尾部天線進行衛星通訊,完成資料上傳與新指令下載後再度下潛開始新一輪的測量作業。此載具將可提供國內學者進行長期及大範圍海域觀測的研究工具,讓我們掌握臺灣在全球氣候變遷下,周遭海域之變化趨勢。
 
寬頻海底地震儀

海底地震儀能夠準確記錄海底地動情形,幫助科學家對臺灣的隱沒、碰撞作用及海域地震的特性有更多了解,補足陸地地震觀測站無法覆蓋海域的範圍,也能應用於海底資源之探勘。由於海底地震儀在設計上有許多的考量與挑戰,目前全球僅有極少數國家有能力製造。國研院海洋中心結合中央研究院地球所、中山大學海下所,自2008年起合作研發海底地震儀。專為海洋科學研究量身打造的海底地震儀,體積小、重量輕、耗電低、維修便利,且自行開發之成本遠低於市售商用海底地震儀,具國際市場競爭力;而最關鍵的效益是可大幅度提升國研院海洋中心對海底地震儀的維護與整備之自主性。